P1631 应用全基因组测序对丹麦鼠伤寒沙门氏菌及其单相变异的暴发调查\\ Pernille Gymoese, Gitte S？rensen, Eva Litrup, 等
在监测中全基因组测序正迅速地取代当前的分子分型方法。我们在丹麦进行了为期7个月的监测研究，旨在评估核心基因组单核苷酸多态性在暴发预警中的应用和分析鼠伤寒沙门氏菌及其单相变异来源的关联性。我们从分离株的亲缘关系，流行病学数据和食物追踪调查等方面对先前8个特征性暴发流行进行了再分析和定义。我们对所有的疫情情况均进行了鉴定，使得无关病例得以排除，相关的人类病例得以纳入。此外，我们还将可能的食物源及动物源与疫情进行关联。以ST19，ST34及ST36序列分析结果为依据对菌株进行聚类。我们的研究表明，核心基因组单核苷酸多态性分析适用于鼠伤寒沙门氏菌(ST19及ST36型)监测及暴发调查，但对严格的基因克隆单相变异需要进行全基因组分析（ST34型）。
图. 在丹麦的一次鼠伤寒沙门氏菌及其单相变异的暴发疫情中，以ST19基因组为参照进行基因组内部从头测序，基于核心基因组SNP分析结果，构建以ST19型为主的最大公约进化树，包含了 98个人源和5个食源及动物源相关的鼠伤寒沙门氏菌分离株。分支长度与SNP数量相对应。暴发疫情B及C来源的分离株此前进行了MLVA分型定义。虚线圈内所含的分离株是经SNP分型定义的暴发分离株。MLVA, 多位点可变数目串联重复序列分析; SNP, 单核苷酸多态性; ST, 序列分型.
P1640 2011-2013年麦加朝圣期间肠道感染的传播\\ Moataz Abd El Ghany , Mona Alsomali, Malak Almasri, 等
一年一度的沙特阿拉伯麦加朝圣，作为独特的群体聚集性事件，引起了沙特阿拉伯及全球对其公共卫生问题的关注。虽然胃肠炎及腹泻在朝觐者中普遍存在，但引起感染的微生物病原仍未知。我们收集了40个国家，2011-2013年麦加朝圣期间，以腹泻病就医的544份朝圣者的粪便标本，并对其进行了与腹泻感染相关的16种常见致病菌的筛检。在228份阳性标本中，主要检出的为细菌，占82.9%，其次为病毒（6.1%）和寄生虫（5.3%）。与严重症状相关的主要病原菌是沙门氏菌，志贺杆菌，肠侵袭性大肠杆菌及肠产毒性大肠杆菌。我们在约40%的沙门氏菌和大肠杆菌阳性标本中发现与第三代头孢菌素耐药相关的基因。麦加朝圣相关的食源性感染通过抗菌素耐药菌的出现和传播，造成了重大公共卫生风险。
P1650 隐孢子虫病水源性暴发的经济学评\\Aksana Chyzheuskaya, Martin Cormican, Raghavendra Srivinas, 等
2007年，爱尔兰西部发生人隐孢子虫感染的水源性暴发，产生了242例实验室确诊病例以及数目不详的未确诊病例。发布了158天烧开水通知，影响了居住在该地区的120,432人口，商业，游客和通勤者。这是在爱尔兰地区最大规模的隐孢子虫暴发。本研究的目的是评估本次暴发的成本效益。我们采用社会视角来评估暴发相关的成本。经济成本的估算是基于公共和私人机构所产生的直接和间接费用的总额。以2007年的统计数据为依据估算本次暴发的成本。我们估算本次暴发的成本超过了1900万欧元（约为12万欧元/天，暴发）。以当日美元汇率为基础，相当于2244万美元（约为14.2万美元/天，暴发）。本项研究凸显了安全饮用水供应的经济需求。
（来源：中国人兽共患病学报）
原文出处：1. Gymoese P, S？rensen G, Litrup E, Olsen JE, Nielsen EM, Torpdahl M. Investigation of Outbreaks of Salmonella enterica Serovar Typhimurium and Its Monophasic Variants Using Whole-Genome Sequencing, Denmark. Emerg Infect Dis. 2017 Oct;23(10):1631-1639. doi: 10.3201/eid2310.161248.
链接：https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/23/10/16-1248_article
2. Abd El Ghany M, Alsomali M, Almasri M, Padron Regalado E, Naeem R, Tukestani A, Asiri A, Hill-Cawthorne GA, Pain A, Memish ZA. Enteric Infections Circulating during Hajj Seasons, 2011-2013. Emerg Infect Dis. 2017 Oct;23(10). doi: 10.3201/eid2310.161642.
链接：https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/23/10/16-1642_article
3. Chyzheuskaya A, Cormican M, Srivinas R, O'Donovan D, Prendergast M, O'Donoghue C, Morris D. Economic Assessment of Waterborne Outbreak of Cryptosporidiosis. Emerg Infect Dis. 2017 Oct;23(10):1650-1656. doi: 10.3201/eid2310.152037.
链接：https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/23/10/15-2037_article