在土壤出问题、作物出问题等情况下，我们都会选择施用菌肥，但有时候，我们明明施用了菌肥，却没有达到很好的效果，这是为什么呢?
1、菌肥撒施在地表面。菌肥含有活性菌，施用时必须埋于土壤中(除了液体的)，不能撒施于地表，在地表的菌肥可能受阳光照射影响效果，遇到大风天气，粉剂菌肥还会飘散浪费，菌都不易存活，一般深施10~20厘米。
2、在零下温度的条件下施用菌肥。如果我们在冬天施用菌肥的话，一定要先测量好最低温度是多少，如果温度在零下，菌肥中的菌很有可能会被杀死。我们在施用菌肥的时候，一般要保持地温在5℃~35℃内施用。
3、菌肥与未腐熟的农家肥混用。很多种植户在给作物施用底肥的时候，会把菌肥和农家肥一起施用，觉得这样的话，对作物的效果更好。但是，如果我们不小心施用了未腐熟的农家肥，那菌肥就会被未腐熟的农家肥杀死。
4、菌肥与农药，化肥同时施用。为了防止活菌被杀死，菌肥是万万不能和杀菌剂、高浓度肥料溶液混用，另外，菌种繁殖需要中性或者弱酸性的环境，所以也不能和强碱性的草木灰混用。
5、菌肥施用在肥力不高的土壤上。微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足够的有机质才行，如果土壤中没有有机质，那施用了微生物肥也是白搭，因为菌根本就不会存活。所以，我们单单施用菌肥是不可以的，要先施入有机肥来增加土壤中的有机质，再配合菌肥施用。
6、菌肥施用在过酸或过碱的土壤上。土壤酸碱值在6.5-7.5之间时最适合生物菌的繁殖，只要让土壤酸碱值达到6.5-7.5，就能保证生物菌大量繁殖，不过，我们还要参考作物适宜的酸碱度去种植。
7、菌肥长时间暴露在空气中。长时间不用，袋子又没绑严实，就会有其他的杂菌侵入袋子内，微生物菌群就会发生改变，我们再施用的时候，可能微生物肥中的菌都已经被杂菌污染或者失活了，作用效果肯定不好。(王择)