生物菌肥是以可繁殖微生物的生命活动导致作物得到所需养分的一种新型肥料生物制品，是农业生产中肥料的一种（也称第三代肥料）。
1、选购生物菌肥时，要注意生产日期，不用过期产品，一般超过生产日期1年的生物菌肥活性就会显著降低。
2、看生物菌肥有无农业部登记证，正规生产厂家的产品都应该有农业部登记证号，省农业厅不批准生物菌肥登记。所以凡是印有XX省农肥登记的生物菌肥都是假冒产品，严防普通有机肥冒充生物菌肥。
3、生物菌肥最好与经过充分腐熟的有机肥混合使用，其效果要远好于单独施用有机肥和生物菌肥。
4、生物菌肥避免开袋后长期不用，要注意密封储存以免菌种流失。开袋后长期不用，其他细菌就可能侵入袋内，使肥料中的微生物菌群发生改变，影响其使用效果。
5、微生物菌肥不宜与杀菌剂、杀虫剂、除草剂同时使用，也不要在使用生物菌肥后再实行土壤消毒。
6、生物菌肥对于阳光中的紫外线较为敏感，不宜采用地表撒施，可以在阴天或清晨、傍晚于土壤中施用。
7、生物菌肥适宜的土壤湿度为60%左右，所以要注意不要在过分干旱时使用。生物菌肥施入土壤后，有一个菌群繁殖壮大的过程，因此，在果树根系开始生长前使用。
8、生物菌肥避免与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的农家肥施入地里会产生二次发酵升温，高温会杀死菌肥微生物，影响微生物菌种的活性和发挥。（汪勇）