秋季，是作物施用有机肥的黄金时间。有机肥料能为农作物提供全面营养，改良土壤结构，增强土壤的保肥供肥与缓冲能力，对增产具有重要的作用。但有机肥成分复杂，在施肥时做到合理尤为重要。
有机肥应充分腐熟后施用
一些动物粪便如猪牛栏肥以及人粪尿未经发酵腐熟直接施入土壤，这些未经腐熟的有机肥在土壤中经微生物分解发酵，产生的氨气容易引发作物烧根、中毒，有的还会滋生杂草和传播病虫害。因此，应将其充分发酵后施用，并提倡在田边地头建贮粪池发酵的方法，或者将堆肥堆积加水湿润，用泥土封住，使其温度达到35℃～40℃，经过25～30天即可发酵完毕，高温法将粪肥在60℃条件下充分发酵，可杀灭其内的虫卵和杂草种子，施用时更安全有效。
不宜集中施或施用量过大
尤其在旱地作物施肥时，如果直接将有机肥施于行间或作物根部附近，因旱土持水量小，根系周围一时浓度过大，根系接触到肥堆后，会造成作物生理失水，形成反渗透现象，使作物生长不良或出现萎蔫而失水死苗。因此，应将有机肥均匀地拌于土壤中，做到与土壤融为一体。在生长期施用有机肥，应开沟条施或穴施，施后覆土，切不可撒于地面。
晒干施用肥效损失大
一些农户习惯将有机肥料如猪牛栏粪肥，在太阳下晒干，或者施在旱土作物表土上，这样做的结果让粪肥长期日晒雨淋，会使氮素基本上挥发损失，速效磷钾也会大半流失，而且污染环境，应采取堆积腐熟的方式。
合理搭配施用
秸秆、猪牛栏粪肥、绿肥等有机肥，其纤维素（即碳素）含量多、氮素含量少，如果这种肥料用量过大，易引起农作物前期缺氮和僵苗不发，这就是稻田秸秆还田必须配施碳铵来补充氮素的道理。因此作物施用有机肥不是越多越好，一般每亩施栏肥1000～1500公斤或绿肥1000～1500公斤，并在施用时加入适量的碳铵或尿素，以调节其碳氮比，满足微生物的需要，防止出现微生物与作物争氮的现象。（中化）