尽快排除雨水棚室灌入雨水后，应在最短的时间内设法排除积水，避免大量雨水积攒在种植行里不能下渗而导致蔬菜沤根。有排水条件的棚室可将水引致沟渠，棚室周边没有沟渠的棚室应在第一时间使用抽水机、水带等将棚内积水排到沟渠当中。沤根后根系抵抗能力差，非常容易被雨水和土壤中的有害菌侵染。
适时划锄在排走积水后，棚地土壤见干见湿时，及时划锄，以透加土壤的透气性，促进蔬菜根系尽快恢复正常生长。划锄的深度根据蔬菜根系生长情况而异，拱棚蔬菜根系已经扩展下扎，可将划锄深度控制在3厘米左右，且不要靠植株太近。若是掌握不好划锄的深度，建议远离植株根系后深划锄。
及时用药剂灌根为避免死棵出现，在土壤墒情合适时应及时灌根一次。可用30%的恶霉灵水剂1000倍液或50%的氯溴异氰尿酸1000倍液灌根。灌根时可配合适量的生根剂或甲壳素，如阿波罗963养根素等，促进伤根修复和再生。需要注意的是，灌药是预防病害，千万不要使用太高的浓度，否则也容易伤及根系。
增施生物菌肥利用有益菌以菌抑菌的特性，用药剂灌根7天后，可随浇水追施。需要注意的是，菌肥不要与杀菌剂同时使用，在杀菌剂药效高峰期内也不能使用，注意安全间隔期。常用菌肥如正规菌、菌吧、木美土里根宝贝、ETS微生物菌剂等。
另外，暴雨过后，棚内易产生高温高湿的环境，利于各种病害的发生，建议不要马上疏枝打叶，要及时喷药防病，可喷施75%百菌清600倍混中生菌素1000倍等。