在合理施用底肥的基础上，还要注意增施生物菌肥、甲壳素、腐植酸等功能性肥料，以促进土壤团粒结构形成。土壤有机质多了，土壤结构不一定良好，还需要增施生物菌肥，增加土壤中的有益微生物数量，才能促进有机肥分解，形成对改良土壤作用巨大的腐植酸等有效成分。目前，市场上生物菌肥种类繁多，既有腐熟粪肥、改良土壤的，也有预防病害、减少死棵的，菜农要合理选择，正确使用。
底肥施用后，应选择以腐熟有机肥为主的菌肥；蔬菜定植时，则应选择防病为主的菌肥；蔬菜定植后追肥，则应选择防病和增氮解磷解钾为主的菌肥，以预防病害、提高肥效为主要作用。
除生物菌肥外，市场上还有很多对改良土壤、增强土壤透气性效果很好的功能性肥料，如腐植酸、甲壳素等。土壤中真正能够长期存在、改善土壤结构的主要是腐植酸，而施入的有机肥真正能够转化成腐植酸的并不多，菜农可直接选择优质的腐植酸产品，随水冲施即可，起效快，效果好。
土壤透气性变差，还有一个很重要的原因就是耕作层变浅，犁底层上浮，20厘米以下的土壤透气性很差。尤其是对于那些建棚较早，过去又一直使用耕作深度较浅的旋耕机的大棚，耕作层变浅已经成为影响蔬菜生长的主要因素。一般来说，旋耕机旋刀大约25厘米长，入土则在15厘米左右，每年耕地后，看着翻起的土壤很厚，但那是虚的，实际浇水过后耕作层土壤绝不超过20厘米，长此以往，犁底层没有被破坏，透气性越来越差，不利于根系深扎，培育壮棵。所以，菜农应该每隔2~3年进行一次深耕，打破20厘米左右的犁底层，改善土层结构，使植物根系有更大的生长空间。
用好肥提高土壤活性，深翻土增加耕作层厚度，让根系生长的环境更加宽广，才能促进根系健康生长，提高蔬菜的产量和品质。